Trong quá trình quay phim Trong mắt người thương binh tại Thái Bình, Minh Chuyên nhận được điện thoại của Hoàng Ngọc Cát — em trai nam quân y — tường thuật lại câu chuyện về hai cựu binh người Mỹ muốn đưa Homer Steedly đến Việt Nam tạ tội và minh oan cho liệt sĩ.[5] Đạo diễn Minh Chuyên dành hai năm từ xây dựng kịch bản đến khi hoàn thành bộ phim, đồng thời tiết lộ "có những cảnh quay mà tất cả những người có mặt đều khóc, người nhà của liệt sĩ Hoàng Ngọc Đảm cũng khóc, bạn bè của Homer cũng khóc và ê kíp làm phim cũng khóc". Sau khi hoàn thàhh ghi hình phim, Homer chia sẻ "người Việt Nam thật cao cả! Người Việt Nam thật gan dạ trong chiến tranh và người Việt Nam thật độ lượng trong hòa bình!".[2] Đạo diễn Minh Chuyên tiếc nuối vì "không có điều kiện quay những hình ảnh về bà mẹ Mỹ tuyệt vời này, nhưng câu chuyện mà người con trai kể lại làm tôi cực kỳ xúc động, tôi muốn đưa nó vào để người xem hiểu và hoàn toàn tin được vì sao Homer quyết tâm quay lại Việt Nam đến thế — vì anh có một người mẹ như vậy".[1] Homer Steedly và Wayne Karlin cùng với Dong Reese một vài lần từ chối ghi hình theo kịch bản của đạo diễn.[6] Tựa đề Linh hồn Việt Cộng được đạo diễn Minh Chuyên giải thích do liên quan đến nhà ngoại cảm Phan Thị Bích Hằng trong việc tìm kiếm hài cốt liệt sĩ.[9] Khoảng 16 giờ ngày 26 tháng 5 năm 2008 tại một lối mòn thuộc đèo Mang Yang, đạo diễn kể lại khi đoàn làm phim ghi hình cảnh Homer Steedly tái hiện câu chuyện năm xưa thì một cơn lốc bất chợt hất văng máy quay chính, sau đó tất cả các máy quay trong đoàn làm phim đều ngừng hoạt động không rõ lý do trong vài phút.[4][5] Phó tùy viên quân sự Đại sứ quán Hoa Kỳ Bill Deeter khi đó thốt lên "sao nơi này lắm linh hồn Việt cộng đến thế!". Khoảng 1 giờ sáng hôm sau, Homer run run nói "Đây chính là nơi tôi gặp Đảm!" — lối mòn thuộc đồi 467.[4]